期刊編輯在論文發表的不同階段中的作用
期刊編輯決定學術論文是否能夠發表。期刊的編輯分為主編（Editor in Chief）、副主編（Associate Editor）、編輯（Editor）、語言編輯（Language Editor）、排版編輯（Typesetting Editor）。不同的編輯在論文發表的不同階段中具有不同的作用。
一、投稿前詢問階段
在作者投稿前，如果無法從期刊官網瞭解清楚期刊的刊載範圍、審稿時間、版面費等關鍵問題，作者可以發送電子郵件致函期刊的主編進行投稿前詢問。期刊的主編很多都是由大學教授兼任。如果期刊官網不公佈他們的電子郵箱，也很容易透過使用他們的姓名和搜尋引擎找到他們在大學裡的公開的電子郵箱。
關於審稿時間和版面費的詢問，熱心的主編會花時間回覆作者。關於論文是否符合期刊內容範圍的詢問，大約一半的期刊主編願意回答這種問題，因此作者能夠避免盲目投稿而節省時間。另外一半的期刊主編不願意回答，原因基本包括以下幾種。有些主編會要求作者直接投稿，遵循正式的投稿後評估流程，而不願意根據作者在投稿前詢問信中提供的摘要和亮點（highlights）進行評價。另外少數主編則表示回覆這種問題意味著某種偏倚（bias），儘管這種說辭其實並無道理，只是托詞罷了。還有不少主編則根本不回覆。
二、編輯篩選稿件階段
當作者提交論文後，論文將被分配給按照專業領域劃分的副主編或編輯對內容進行篩查，具體包括以下兩類檢查：（1）格式是否正確，聲明文件是否齊全，是否存在抄襲或剽竊現象等；（2）投稿內容是否符合期刊範圍，關於論文水準（新穎性、正確性、完整性）的初步評價，英文水準是否合格等。對於第1類檢查內容，有些期刊依靠編輯的助手幫助完成。對於第2類檢查內容，需要具有專業知識的編輯來完成。
對於比較容易做出直接拒稿（desk rejection）或送交同行評議（peer review）的稿件，主編、副主編或編輯通常會在幾天內做出決定。對於不太容易決定的稿件，有些期刊會使用兩名或多名副主編或編輯對論文的內容做出初步評價，判斷論文成功透過同行評議的可能性。如果多名編輯均認為稿件的水準很可能無法順利透過同行評議，主編、副主編或編輯就會直接拒稿。
在編輯篩選稿件階段，在論文被交付同行評議之前，如果編輯需要作者提供補充資訊或做一些小修改，編輯可能會給作者這個機會，但是也有可能會直接拒稿。拒稿的署名編輯可能是編輯，也可能是直接處理稿件的副主編或主編。
三、同行評議階段
當論文被提交給同行評議後，大約經過2-3名（有時多達5-6名）審稿專家的短則2個星期或長則幾個月的評審，審稿意見會被提交給編輯。編輯根據審稿專家的意見做出以下決定之一：直接錄用而無需修改（accepted）；大修（accepted with major revision）；小修（accepted with minor revision）；拒稿（rejection）。對於高水準期刊，如果幾個審稿專家中有一個專家給出拒稿意見，而且如果編輯認為意見合理，那麼編輯很可能會遵從這個專家的意見而拒稿，不會給修改機會。當然，關於審稿意見的有效程度評判和論文的決定是由編輯最終獨立做出的，審稿專家的意見只是作為參考而已，編輯並不必須採納。
在同行評議階段結束後最容易發生的現象是作者從投稿系統中注意到論文的狀態已經從評審中（Under Review）改為同行評議結束（Reviews Completed），但是過了1-2個星期，作者卻還沒有收到期刊編輯的決定通知。這種情況通常不是因為編輯忘記通知，而是由於以下兩個原因：（1）審稿人提交的意見不全，導致期刊編輯需要聯繫審稿人補齊審稿內容；（2）審稿人的意見讓期刊編輯不夠滿意，或出現了非常矛盾的兩個或幾個審稿人的意見，導致期刊編輯正在追加和等待第3個或更多的審稿人的審稿意見。
如果作者對拒稿意見不服，可以按照期刊規定的程式申訴。但是，在申訴和等待仲裁結果期間，不能將論文改投別刊。一般來講，申訴成功導致期刊編輯改變決定的可能性不大，而且容易得罪編輯，造成對以後投稿不利。
四、論文修改和再評議階段
對於需要大修的稿件，當作者修改和重新提交後，通常會被相同的審稿專家再次評審。對於小修後重新提交的稿件，編輯可能會自己直接做出決定。無論何種修改，作者必須根據同行評議審稿意見和編輯的總結意見逐條清晰回覆。
五、出版製作階段
當論文被錄用後，便進入出版製作階段。這個錄用往往是有條件的，即編輯通知作者，論文已經被錄用，但是需要按照某些要求對格式或語言問題進行修改。在作者滿足這些要求提交稿件後，期刊的語言編輯會繼續審查和修改語言。然後，排版編輯進行排版，作者需要對排版清樣進行校對（proofreading）。
對於英文論文，幾十年前的實踐是期刊免費幫助修改英文和編輯，消除語法、拼寫甚至寫作風格方面的問題。但是，近年來，期刊已經不再願意免費幫助作者修改英文，而是要求作者使用付費服務完成英文編輯。期刊推薦的英文編輯機構包括期刊出版社旗下的語言編輯機構或知名的專業學術語言編輯機構。需要注意的是，由於主編、副主編或編輯非常介意投稿時的英文水準。如果英文很差，會導致直接拒稿，根本不會送達同行評議。所以，與其將付費英文編輯拖延到論文被錄用後再進行，不如在投稿前就做好。
